Lata 70. były dlań okresem intensywnej pracy duszpasterskiej. Odprawiał w tym czasie w kościele św. Marka słynne msze dla przedszkolaków, podczas których wprowadził zwyczaj dialogowanych homilii i pozwalał dzieciom przynosić do kościoła ulubione zabawki. Pełnił też obowiązki duszpasterza krakowskiej inteligencji, którą gromadziły jego popularne „trzynastki”, odprawiane w kościele św. Anny. Współpracował z wieloma środowiskami: lekarzami (szczególnie psychiatrami; przyjaźnił się z Antonim Kępińskim), uczonymi, artystami. Był cenionym rekolekcjonistą i wykładowcą. W 1974 roku habilitował się na ATK na podstawie pracy „Fenomenologia świadomości egotycznej”. W drugiej połowie lat 70. włączył się w ruch niezależnych inicjatyw kulturalnych (m.in. tzw. Uniwersytetu Latającego). W tym czasie napisał szereg ważnych artykułów, m.in. obszerny esej „Schyłek chrześcijaństwa tomistycznego”, który stał się zarzewiem polemik znanych pod nazwą „sporu z tomizmem”. Tischner wystąpił przeciwko dominacji jednego modelu filozofii (arystotelesowsko-tomistycznego) w interpretacji doktryny chrześcijańskiej; dowodził, że współczesna filozofia, zwłaszcza filozofia wartości, ma chrześcijaństwu do zaproponowania równie interesujące perspektywy. W 1975 roku ukazała się jego pierwsza książka Świat ludzkiej nadziei. W drugiej połowie lat 70. rozpoczął pracę nad kolejną – Polski kształt dialogu – którą poświęcił zderzeniu chrześcijaństwa z marksizmem.