Józef Tischner studiował teologię w najtrudniejszym dla Kościoła okresie w powojennej historii Polski. Na lata jego studiów przypada m.in. głośny proces księży z kurii krakowskiej, uwięzienie Prymasa i internowanie arcybiskupa Eugeniusza Baziaka oraz usunięcie wydziałów teologicznych z uniwersytetów. Tischner postanowił poświęcić się nauce. Pod wpływem ks. prof. Kazimierza Kłósaka rozwijał swe zainteresowania filozoficzne, interesując się szczególnie filozofią niemiecką. Wzorem duszpasterza był mu ks. prefekt Jan Pietraszko, późniejszy biskup. Na ostatnim roku miał wykłady z etyki społecznej z ks. doktorem Karolem Wojtyłą. Święcenia kapłańskie przyjął 26 czerwca 1955 roku w katedrze wawelskiej z rąk biskupa Franciszka Jopa. Zachęcony przez ks. Kłósaka podjął studia na Wydziale Filozofii Chrześcijańskiej Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie (1955-1957). Po odwilży październikowej – i powrocie do Krakowa w związku z przywróceniem nauki religii w szkołach – kontynuował je na Wydziale Historyczno-Filozoficznym UJ (1957-1959). Zajmował się w tym czasie głównie filozofią Edmunda Husserla. Równocześnie pracował jako wikariusz i katecheta w parafii św. Mikołaja w Chrzanowie (1957-1959) i parafii św. Kazimierza w Krakowie (1959-1963). W 1963 obronił doktorat u prof. Romana Ingardena na UJ. Wraz z uzyskaniem stopnia naukowego rozpoczął wykłady z filozofii w Wyższym Seminarium Duchownym (później – Papieskim Wydziale Teologicznym, a od 1981 – Papieskiej Akademii Teologicznej) w Krakowie. W połowie lat 60. podjął współpracę z „Tygodnikiem Powszechnym” i miesięcznikiem „Znak”, z którymi pozostał związany do końca życia. W 1965 przeprowadził się z wikarówki parafii św. Kazimierza do domu księży profesorów przy ul. św. Marka 10, gdzie mieszkał do lat 90.
