W październiku 1978 roku Tomáš Halík, trzydziestoletni doktor filozofii Uniwersytetu Karola w Pradze, przygotowywał się do potajemnych święceń kapłańskich. Miał je przyjąć w Erfurcie, który wówczas znajdował się w granicach NRD. 16 października, odbywszy spowiedź z całego życia, razem ze swoim spowiednikiem zasiadł przy radioodbiorniku. Z szumów wyłowili głos obwieszczający niezwykłą nowinę: Wojtyła papieżem! „Tuż po wybrzmieniu słów kardynała rozpoczęliśmy mszę”, wspominał po latach, „kto wie, czy nie była to w ogóle pierwsza msza na świecie za nowego papieża?”
Następnego dnia Halík pojechał do swego przyjaciela, również potajemnie wyświęconego księdza, aby podzielić się z nim radosną nowiną. Przyjaciel ten przyjął świecenia w Krakowie – być może z rąk kardynała Wojtyły, być może któregoś z jego biskupów pomocniczych. „Zawsze przywoziłem kardynałowi Wojtyle do Krakowa jako dar ziemi morawskiej palonego kalwadosa”, powiedział uradowany. „Miałem tam jechać w przyszłym miesiącu, kalwados stoi przygotowany w szafie. Do Watykanu mu go chyba nie przemycę, dlatego wypijmy go razem za jego zdrowie”. Butelka została opróżniona. „Kiedy wychodziłem”, opowiadał później Halík, „miałem ochotę napisać opowiadanie w stylu Nerudy: >>Jak to się stało, że wypiłem papieżowi gorzałkę<<”.
Tomáš Halík wychował się w rodzinie o przekonaniach agnostycznych. Był późnym dzieckiem; kiedy przyszedł na świat, jego matka miała 45 lat, a ojciec prawie 50. Ojciec był historykiem literatury, znaczną część życia poświęcił opracowaniu literackiej spuścizny braci Čapków. Jedyny syn kontynuował jego humanistyczne zainteresowania: w 1966 zaczął studiować na Uniwersytecie Karola socjologię i filozofię. W czasie studiów zetknął się ze znakomitymi wykładowcami, m.in. z najwybitniejszym współczesnym czeskim filozofem Janem
Patočką. Stworzył na wydziale klub dyskusyjny, który zapraszał przedstawicieli intelektualnej i politycznej opozycji; gościem jednego ze spotkań był m.in. Adam Michnik.
Jeszcze w liceum Halík zainteresował się religią. Jednym z impulsów była czysto historyczna fascynacja husytyzmem, później – filozoficzne zainteresowanie egzystencjalizmem, jednak z czasem jego poszukiwania nabrały charakteru duchowego. Tuż przed rozpoczęciem studiów wyspowiadał się i przyjął po raz pierwszy w życiu Komunię świętą. W okresie Praskiej Wiosny działał nie tylko w opozycyjnym ruchu studenckim, ale uczestniczył też w ekumenicznym ruchu chrześcijan; należał do członków-założycieli Ekumenicznego Ruchu Inteligencji i Studentów oraz Dzieła Odnowy Soborowej, organizacji zakazanych po sierpniu 1968. Po czystkach politycznych na początku lat siedemdziesiątych władze komunistyczne wydały mu zakaz pracy na wyższych uczelniach.
Mimo represji, w 1972 roku zdołał uzyskać stopień doktora filozofii. Ponieważ kariera naukowa była przed nim zamknięta, podejmował różne prace, m.in. jako zakładowy socjolog w firmie Chemoprojekt Praha, a także – w latach 80. – jako psychoterapeuta alkoholików i narkomanów. Równolegle studiował tajnie teologię i przygotowywał się do święceń kapłańskich. Przez środowisko filozoficzne zbliżył się do twórców Karty 77; przełożeni kościelni nie pozwolili mu jednak jej podpisać, obawiając się, że prześladowania mogą uniemożliwić mu przyjęcie święceń. Po wielu dyskusjach i nie bez zastrzeżeń pozwolono mu natomiast uczestniczyć w podziemnych seminariach naukowych, które odbywały się u Radima Palouša oraz braci Ivana i Václava Havlów. Do roku 1989 działał w nielegalnych strukturach Kościoła katolickiego; był jednym z najbliższych współpracowników kardynała Františka Tomáška, inicjatorem ekumenicznego programu duszpasterskiego „Dziesięciolecie Odnowy Duchowej Narodu”.
Po upadku komunizmu ks. Halík stał się jednym z najważniejszych autorytetów w Republice Czeskiej. W Polsce nazywany bywa z tego powodu „czeskim Tischnerem”; w istocie, wiele cech jego osoby i jego myślenia zbliża go do autora „Etyki solidarności”. Halík postrzegany jest przede wszystkim jako budowniczy mostów między chrześcijaństwem i światem współczesnym, między wierzącymi i niewierzącymi, między filozofią i wiarą. Każda z jego książek staje się bestsellerem w Czechach i na Słowacji. Jako ksiądz „z podziemia” był przez pewien czas bojkotowany przez część duchowieństwa. Jednakże jego silna pozycja w świecie intelektualnym, jego popularność jako duszpasterza, a także sympatia, jaką darzył go papież Jan Paweł II, stopniowo przekonały doń niechętnych. Od 1990 r. Halík jest rektorem kościoła akademickiego Najświętszego Salwatora w Pradze, w którym gromadzą się tłumy studentów. Jest też przewodniczącym Czeskiej Akademii Chrześcijańskiej, odpowiadającej za intelektualny rozwój chrześcijaństwa w Czechach. Był konsultorem Papieskiej Rady do spraw Dialogu z Niewierzącymi. Od r. 1993 wykłada w Instytucie Filozofii i Religioznawstwa na Wydziale Filozoficznym Uniwersytetu Karola; był jedną z osób, które przyczyniły się do reaktywowania religioznawstwa na tej uczelni, i inicjatorem międzynarodowego projektu badawczego Aufbruch, poświęconego religioznawstwu i roli Kościoła w społeczeństwach postkomunistycznych
Jakby tego było mało, w latach 1991-93 ukończył praktyczny kurs zarządzania organizacjami, kierowania ludźmi oraz komunikacji medialnej. Swoją wiedzą wspiera organizacje pozarządowe i humanitarne, był społecznym doradcą prezydenta Havla, a także członkiem zespołu rządowego opracowującego długoterminową koncepcję rozwoju Republiki Czekiej. Dużo podróżuje: zapraszano go z wykładami niemal na wszystkie kontynenty, odbył podróże z ekipą telewizyjną realizującą cykl programów poświeconych religiom świata, a w styczniu 2002 r. wziął udział w wyprawie na Antarktydę. Od połowy lat 90. angażuje się w inicjatywy na rzecz dialogu między religiami i kulturami; uczestniczył w rozmowach z intelektualistami żydowskimi w Izraelu i USA, z hinduistami w Indiach i Wielkiej Brytanii, z buddystami w Nepalu, Japonii i Tajlandii, z muzułmanami w Egipcie, Jordanii, Wielkiej Brytanii. Za wybitne zasługi dla rozszerzenia wartości tolerancji oraz wolności ducha i myśli otrzymał amerykańską Nagrodę Tolerancji.
„Tak naprawdę uważam, że granica między ludźmi o różnej przynależności religijnej nie jest tak bardzo ważna, że to, co dzieli, biegnie w poprzek wyznań i można to wyrazić jako różnicę między myślą >>otwartą<< a >>zamkniętą<<”, mówił w obszernym wywiadzie udzielonym Janowi Jandourkowi (wydanie polskie pt. „Radziłem się dróg” ukazało się w 2001 r.). „Ale jako otwartość rozumiem tu jeszcze coś innego niż zwykła cechę psychologiczną open mind. Jest to otwartość na tajemnicę. Jest to postawa otwarcia się na fakt, że rzeczywistość sama jest >>otwarta<<, że nie jest powierzchowna, że ma swoją tajemniczą głębię”.
Podczas X Dni Tischnerowskich ks. Halík wygłosił wykład poświęcony dzisiejszym napięciom między chrześcijaństwem i światem „pogan”. Wiara religijna jest jednym z głównych tematów jego licznych książek (m.in. „Co nie jest chwiejne, jest nietrwałe”, „Wzywany czy niewzywany, Bóg się tutaj zjawi”, „Cierpliwość wobec Boga. Spotkanie wiary z niewiarą”). Przeciwstawia się w nich myśleniu sekciarskiemu (tak w obrębie religii, jak i poza nią), które manipuluje rzeczywistością a tajemnicę usiłuje zredukować do własnych definicji i wniosków. W swojej najnowszej książce „Dotknij ran”, nawiązując do doświadczeń Kościoła prześladowanego, pisze: „W okresie, gdy szukałem swego duchowego domu i znalazłem go w Kościele, zepchniętym do podziemia i trzymanym z całą mocą w izolacji od reszty świata chrześcijańskiego, ważna była dla mnie świadomość, że moja nowa duchowa rodzina nie jest dumnie czy bojaźliwie zamkniętą sektą”.
Lubi żartować, że zdrowa wiara wyraża się trzema postawami wobec świata, którym odpowiadają trzy wykrzykniki. „O!” – to pełne zachwytu zamilknięcie przed tajemnicą, „aha!” – rozumowe spojrzenie na tajemnicę, a „cha cha!” – to wyzwalający śmiech tych, których duch nie jest ociężały.