Ciało prof. Leszka Kołakowskiego zostało przewiezione do Polski. Uroczystości pogrzebowe rozpoczęły się w środę 29 lipca o godz. 13 w kościele p.w. św. Marcina w Warszawie. Miały charakter prywatny. Dwie godziny później trumna ze szczątkami profesora została złożona do grobu na Cmentarzu Powązkowskim.
W dniach 28 i 29 lipca w Sali Złotej Pałacu Kazimierzowskiego i w gmachu Biblioteki Uniwersytetu Warszawskiego przy ul. Dobrej wystawione były księgi kondolencyjne.
Mszę świętą w intencji prof. Leszka Kołakowskiego odprawiono w piątek 24 lipca o godz. 16 w krakowskim kościele oo. Dominikanów. Przewodniczył jej kard. Stanisław Dziwisz, który na wstępie podzielił się ze zgromadzonymi osobistym wspomnieniem. Podkreślając wkład zmarłego „w kształtowanie życia społecznego naszych czasów”, przypomniał m.in. jego spotkania z papieżem Janem Pawłem II podczas letnich konferencji w Castel Gandolfo. „Uderzała mnie zawsze jego obecność na mszach celebrowanych przez Jana Pawła II w kaplicy w Domu Papieskiego. Nie była to tylko >>bierna obecność<<. Miałem wrażenie, że on wtedy spotykał się z Panem Bogiem”, powiedział kard. Dziwisz.