W piątek 5 kwietnia wieloletni redaktor „Tygodnika Powszechnego”, senator, minister spraw wewnętrznych w rządzie Tadeusza Mazowieckiego został pochowany na Cmentarzu Salwatorskim w Krakowie. Na miejsce spoczynku odprowadził go tłum przyjaciół, współpracowników, sympatyków. „Chylimy czoło przed człowiekiem, który służąc Polsce, wiele dla niej zrobił”, mówił pierwszy premier III Rzeczypospolitej.
Uroczystości pogrzebowe rozpoczęły się o godzinie 12 od Mszy świętej w kościele SS. Norbertanek. Przewodniczyli jej kardynałowie Stanisław Dziwisz i Franciszek Macharski oraz bp polowy Józef Guzdek, a homilię wygłosił bp Grzegorz Ryś. Podkreślił w niej, że zmarły „miał w sobie pasję poznawania ludzi, bez ocen, bez łatwego osądu. Taki był, takie było jego życie i działanie przy Okrągłym Stole i w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych. Ale i taka była jego wcześniejsza droga w Znaku i w >>Tygodniku Powszechnym<<”. Ta pasja sprawiła, że włączył się w dzieło budowy nowego państwa – żeby uczestniczyć „we wcielaniu marzeń o Polsce”. Marzenia, podkreślił mówca, są zawsze doskonalsze niż rzeczywistość. I zawsze możemy powiedzieć, że to, co stworzono, jest niedoskonałe: niedoskonałe jest państwo, niedoskonały jest Kościół, niedoskonałe jest każde ludzkie dzieło. „Ale jest, istnieje, zostało wcielone. I o to chodzi. Nie da się żyć w samych marzeniach”.
Podczas Mszy przy trumnie Krzysztofa Kozłowskiego pełnili wartę na zmianę przedstawiciele policji, straży granicznej, straży pożarnej i GROM-u. Pod koniec Mszy głos zabrał były premier Tadeusz Mazowiecki, który przypomniał drogę, jaką przebył zmarły – od studiów filozoficznych do pracy w rządzie. „Był najwybitniejszym przedstawicielem drugiej generacji twórców >>Tygodnika Powszechnego<< – pisma i środowiska, któremu w ówczesnych warunkach chodziło o podtrzymanie w ludzkich umysłach i postawach wolności wewnętrznej”. Mazowiecki podkreślił, iż „nie czuje się winny”, że kiedy zaczęła się wolna Polska, „zabrał” Kozłowskiego „Tygodnikowi Powszechnemu”. „Myślę, że on dobrze zrozumiał, iż jest potrzebny, i ta świadomość dawała mu siłę, gdy znalazł się w resorcie, który miał rozminowywać”, zaznaczył były premier. Przypomniał też jedno z ostatnich publicznych wystąpień Krzysztofa Kozłowkiego, podczas którego powołał się on na pewną rozmowę z ks. Józefem Tischnerem. Kozłowski poprosił Tischnera, by ten wskazał mu najlepszy, najzwięźlejszy spis wartości chrześcijańskich. I Tischner polecił mu „Kazanie na górze”, a zwłaszcza zawarte w nim osiem błogosławieństw. W czasie tego wystąpienia, mówił Mazowiecki, Krzysztof Kozłowski przywołał jako szczególnie dla niego ważne słowa: „Błogosławieni, którzy wprowadzają pokój…”
Po Mszy św. tłum wiernych odprowadził trumnę z ciałem zmarłego na Cmentarz Salwatorski. Spoczęła ona w grobie znajdującym się blisko wejścia do cmentarnej kaplicy.
Krzysztof Kozłowski zmarł 26 marca w Krakowie po długiej i ciężkiej chorobie. Miał 82 lata.